ซอน ซาน เกิดที่กรุงพนมเปญ ครอบครัวของเขามีภูมิหลังเป็นชาวแขมร์กรอม ทั้งพ่อแม่ของเขามาขากจังหวัดจ่าวิญในเวียดนาม ซอน ซัท พ่อของเขาอพยพมาสู่กัมพูชาก่อนซอน ซานเกิดเพื่อมาทำงานให้กับพระสีสุวัตถิ์ สุภานุวงศ์[1] ซอน ซานศึกษาในพนมเปญก่อนจะไปศึกษาต่อที่ปารีส จบการศึกษาด้านเศรษฐศาสตร์จาก École des Hautes Études Commerciales de Paris ปารีส ใน พ.ศ. 2476 และได้ไปศึกษาภาษาอังกฤษในลอนดอนเป็นเวลาสั้นๆ และกลับสู่กัมพูชาใน พ.ศ. 2478 จากนั้นกลับมาทำงานให้กับหน่วยงานของรัฐบาล ดูแลเกี่ยวกับด้านการค้า ที่จังหวัดเปรยแวง และจังหวัดพระตะบอง และเข้าร่วมในคณะกรรมการเศรษฐกิจที่เดินทางไปโตเกียวใน พ.ศ. 2484